AMSIF trabaja de manera descentralizada, con una estructura propia diseñada para ofrecer sus servicios de una manera más efectiva posible. Debido a su gran crecimiento, la institución dividió las responsabilidades y el trabajo en cuatro niveles:

1) Nivel Centro de Superación Familiar
Los Centros de Superación Familiar son la base del trabajo de AMSIF. En ellos, las participantes reciben instrucción y capacitación de equipo de animadoras y colaboradoras.

2) Nivel Regional
Los Regionales son los grupos del Centros que tienen su sede y operan en una misma ciudad o pueblo. Dependen de las Coordinadoras de Zona y se encargan de apoyar a las animadoras y las participantes.

3) Nivel Zonal
AMSIF cuenta con 11 Coordinadoras de Zona que son el lazo entre los diferentes Regionales y dependen de la Coordinación Nacional de Zonas.

4) Nivel Nacional
La Coordinación Nacional es la encargada de promover la unidad de AMSIF, impulsar un proyecto común entorno a su misión y profundizar en su entidad eclesial. Trabaja con un equipo de nueve Coordinaciones Nacionales, situadas en diferentes partes de la república, cada una de las cuales es responsable de un área operativa. Las áreas son las siguientes: tesorería, secretaria, relaciones publicas, zonas, estudios, transmisoras, egresadas, manualidades y talleres y revista Compartiendo.

Un grupo de Asesores Nacionales y un Consejo consultivo acompañan y orientan a los miembros de la Asociación para fortalecer su crecimiento espiritual, dar continuidad a los proyectos, definir las directrices institucionales y recopilar la experiencia adquirida.

El órgano máximo de gobierno es la Asamblea.